اين فرمان روای مصر بر اين باور بود كه آتون پروردگار همه ملتها و اقوام است.او دستور داد نام تمام خدايان غير از آتون از نوشته و ساختمانهای مصر حذف كنند.مجسمه خدايان نابود گردد و فقط از آتون يك نقش بر اماكن عمومی قرار گيرد كه همان نقش خورشيد است.مساله خورشيد يكی از مسائل غامضی است كه در زمينه عقيده آخناتون وجود دارد.آخناتون در شعر زيبايی كه از روزگار باستان بر الواح و پاپيروسها برجای مانده خدای آتون را اين گونه توصيف می كند:
وه كه برآمدن تو از افق آسمان چه زيباست
ای آتون زيبا و ای سر چشمه زندگانی
در آن هنگام كه از مشرق طلوع می كنی
سراسر زمين را به زيبايی خود آكنده می سازی
....
ای خدای يگانه كه هيچ كس قدرت تو را ندارد
تو زمين را آن چنان كه خواستی آفريدی
در آن هنگام خود تنها بودی
مردم وجانوران بزرگ و كوچك و هر چه بر روی زمين است ....
و سرزمين مصر ونيل را در اراضی سفلی تو آفريدی
وی دستور داد كه در سراسر مصر آتون را بپرستند و او را خدای يكتا بدانند كه خالق و حافظ همه موجودات است.درباره اعتقاد آخناتون به آتون عقايد مختلفی و جود دارد.اگرچه عده ای معتقدند وی خورشيد پرست بوده است و آتون همان خورشيد است،عده ای از پژوهشگران معتقدند خورشيد نمادی از خدای او و سمبل رحمت واسعه اوست.
او از شهر تبس يا طيبه پاييتخت مصر متنفر بود و آن را نجس می دانست.لذا دستور داد مقامات دولتی و بزرگان به همراه خانواده اش مهاجرت كنند و شهری نو به عنوان پايتخت بنياد كنند.يكی از مهم ترين مخالفان اين مهاجرت و دين جديد او مادرش بانو تی يا تيه بود. تی يا تيه(Tiye) شهبانوی مصر باستان و سوگلی زنان فرعون آمنحوتپ سوم و مادر خاندان عمارنه بود. پدر و مادر او يويا و تويا از بزرگان و دينسالاران مصر بالا و از شهر مين بودند.
از شهر تبس يا طيبه پاييتخت مصر متنفر بود و آن را نجس می دانست.لذا دستور داد مقامات دولتی و بزرگان به همراه خانواده اش مهاجرت كنند و شهری نو به عنوان پايتخت بنياد كنند
برپايه دادههای دردست او پيش از پادشاهی آمنحوتپ با وی پيمان زناشويی بست. تا 1385 (پيش از ميلاد) كه آمنحوتپ به پادشاهی رسيد آنان شش فرزند داشتند كه از ميان آنان در آينده آخناتون به فرعونی رسيد. آمنحوتپ توجه ويژهای به تی داشت و به نام او نيايشگاههايی چند ساخت. همچنين يك كاخ و يك درياچه مصنوعی برای همسرش فراهم نمود. او بر
اين اساس از قوی ترين زنان مصر بود و رو در روی آخناتون ايستاد. در مقابل بانو تی، نفر تيتی يار و غمخوار آخناتون و مومن به آتون بود.از متون و مجسمه های آن عصر بر می آيد نفرتيتی از زيباترين زنان مصر بوده است.در برخی تصاوير كه از آن روزگار به جای مانده آخناتون و نفر تيتيی در كنار فرزندانشان زير سايه خدای خورشيد به نيايش و زندگی مشغولند و آتون آنها را با شعاع رحمتش می نوازد. او از نفرتيتی فرزند پسر نداشت و فقط 7 دختر حاصل زندگيش با او بود.بر خلاف مجوز اجتماعی برای ازدواج مجدد وی اين كار را نكرد.البته برخی روايتهای تاريخی بر خلاف اين امر گواهی می دهد.
آخناتون با پول پرستی و فساد كاهنان مصری به شدت مخالفت كرد و با كمال شجاعت اعلام كرد همه خدايان دين آمون پست و بت پرستانه است و جهان را جز خدای يگانه "آتون " نيست
در نهايت پس از برگزاری جشنی به مناسبت برپايی شهر جديد و آيين نو با حضور بانو تی ،نفرتی تی مفقود و تعادل روحی فرعون جوان بر هم می خورد.حملات شديد از سمت شام نيز او را بسيار می آزارد.در نهايت بر اثر تالمات روحی و شايد توطئه كاهنان در سنی كمتر از سی سال در سال 1362 قبل از ميلاد بدرود حيات می گويد. پس از فرعونی به نام توت انخ امون به سلطنت می رسد. شجرهنامه توتانخآمون هنوز به طور دقيق شناخته نشده است و نظريههای گوناگونی وجود دارد. مثلاً مورخان نمیدانند كه آيا او فرزند آخناتون است يا آمنهوتپ سوم. توتانخآتون در 9سالگی با سومين دختر آخناتون و نفرتيتی، انخاسنپاآتون (كسی كه برای آتون زندگی میكند) ازدواج میكند و پس از مرگ توتانخآمون با همكاری كاهنان به پادشاهی میرسد. فرعون جوان، تحت تأثير وزيرش ، دستور میدهد كه تمامی نامهای آتون و آخناتون را از معابد پاك كنند و نام آمون را كه در دوره ی حكومت آخناتون حذف شده بود دوباره حك كنند. از آن پس، به دستور كاهنان ، بردن نام آخناتون كه جنايتكار بزرگ خوانده میشود قدغن است. او پايتخت خود را شهر تبس (كه از زمان آخناتون رها شده بود) قرار میدهد و حدود 10 حكومت میكند، بی آن كه پادشاهی او جلال يا درخشندگی خاصی داشته باشد. وی آخرين فرعون دودمان شكوهمند هجدهم است؛ و پادشاهی حكومت را به رامسسيان (دودمان نوزدهم) كه حضرت موسی(ع) در دوره آن سلسله ظهور كرد ، میسپارد.
توماس مان در نوشتن رمان يوسف به اين نتيجه تاريخی رسيده بود كه يوسف را در دوره سلسله هجدهم مصر قرار دهد، به اين معنى كه در آن يوسف با پادشاه آتون پرست اخناتون، هم عصر باشد
يكی از كسانی كه قبل از آقای سلحشور از روايت ظهور يوسف پيامبر در عصر آخناتون حمايت كرده توماس مان در رمان چهار جلدى يوسف و برادرانش بوده است. توماس مان در نوشتن رمان يوسف به اين نتيجه تاريخی رسيده بود كه يوسف را در دوره سلسله هجدهم مصر قرار دهد، به اين معنى كه در آن يوسف با پادشاه آتون پرست اخناتون، هم عصر باشد.
2-يوسف پيامبر هم عصر آپوفيس(Apophis)هيكسوس
در مقابل نظريه بالا،عده زيادی بر اين اعتقادند بنا بر بسياری از شواهد و قرائن تاريخی حضرت يوسف در حدود 1600 قبل از ميلاد مسيح (ع) ظهور يافته است.لذا وی هم عصر پادشاهی هيكسوسها در مصر بوده است.هيكسوسها مردمانی از نژاد سامی هستند كه نخستين بار در بخش شرقی دلتای نيل پديدار گشتند و دوره ميانه دوم را در مصر باستان بنياد نهادند. اينان در سده هفدهم (پيش از ميلاد) به قدرت رسيدند و در مصر پايين و ميانه بيش از صد سال فرمان راندند و دودمان پانزدهم فرمانروايی مصر و شايد دودمان هفدهم بردهدار را در اين سرزمين بنياد گذاردند.
از آنجايی كه آنها نامهايی همانند نامهای كنعانی داشتهاند و برای نمونه نامهايشان در بر دارنده نام ايزدان كنعانی چون بعل و انات بود برخی گمان میكنند كه هيكسوسها از تبار كنعانی بودهاند. ديگر نگرهها دراينباره بر فنيقی يا عبری بودن آنها استوار است.
عده زيادی بر اين اعتقادند بنا بر بسياری از شواهد و قرائن تاريخی حضرت يوسف در حدود 1600 قبل از ميلاد مسيح (ع) ظهور يافته است.لذا وی هم عصر پادشاهی هيكسوسها در مصر بوده است.
ويل دورانت در تاريخ تمدن خود جلد 1 صفحه 352 می نويسد شايد رفتن بنی اسراييل به مصر پس از تسلط هيكسوسها بوده است و تصور می كرده اند چون اين قوم قومی سامی است در مصر تحت حمايت آنان قرار می گيرند.اين مورخ معتقدست حضور بنی اسراييل در مصر با دعوت يوسف(ع) از سال 1650 ق م آغاز و با رهبری موسی(ع) در سال 1220 قم به پايان رسيد.
در كتاب تاريخ جهان لاروس ج 1 به صراحت به اين موضوع اشاره شده است .در اين كتاب اشاره شده ست كه آپوفيس فرمانروای هيكسوس مصر يوسف عبرانی را پاس داشت و بدو مقام و جايگاه بخشيد.